Savaşın tam olarak ne zaman başladığı bilinmemekte ancak, serinin başlamasından aşağı yukarı 15 sene önce sona erdiği tahmin edilmektedir. Bundaki en büyük dayanak o sıralar Jonin olan Minato daha sonra Hokage olmuş ve çocuk sahibi olmuştur. Bu çocuk Naruto seri başladığında 12 yaşındaydı savaştan sonra Hiruzen emekli olmuş ve Minato Hokage olmuştur. Dolayısıyla savaş serinin başlamasından 13'den daha fazla yıl önce sona ermiştir.
Taraf Ülkeler: Tüm büyük uluslar ve bazı küçük uluslar.
Başlangıç
Güçleri zayıfladığı için, dağılma noktasına gelen bazı büyük uluslar sınır komşuları olan küçük uluslara saldırmaya başladı. Bu olaylar birbirini takip etti ve kıvılcımlar en sonunda bir savaşa sebep oldu. Konoha dışındaki bir çok güçlü ulus, taze geninlerini de savaş alanına sürdü ve birçok genç savaşta hayatını kaybetti. Ayrıca savaşlar tarihinde bu bir ilkti, ilk iki savaşta genç nesiller savaşa dahil olmamıştı. Ayrıca bu savaş daha önce eşi benzeri görülmemiş bir çatışmaya sahne olmuştu. En çok shinobi ve ülkenin katıldığı bu savaşta verilen ölüm sayısının ilk 2 savaşta olan ölüm sayısının, toplamından fazla olduğu düşünülüyor.
Savaş
Iwagakure, Ateş Ülkesinin sınırlarını kuşatmak adına Kusagakure'ye sızdı ve ulusun sınırlarını kuşattı. Bu da doğal olarak, Konoha'nın olaya dahil olmasına neden oldu ve Kusagakure'de iki ulus karşı karşıya geldi. Kannabi Köprüsü yıkılana kadar Iwa lehine yürüyen savaş, köprünün yıkılmasıyla tamamen Konoha lehine döndü. Ayrıca Iwagakure'nin bir yandan da Kumugakure ile de savaştığı söyleniyordu. Daha sonra savaşa Sunagakure de dahil oldu. Kumo'nun savaşa dahil olduğunu net olarak bilmekteyiz çünkü savaş sırasında daha sonra köylerinin Kage'si olacak Minato ve A ve A'in kardeşi Bee karşı karşıya geldi ve dövüştüler. Ayrıca bu savaşta 3. Raikage 1000 kişilik bir orduyla tek başına savaşmış ve öldükten sonra yerine oğlu A 4. Raikage olarak geçmiştir. Kirigakure'nin savaşa katıldığını ise Konoha'lı Rin'i kaçırıp Sanbi'nin Jinchurikisi yaptıklarından ve bir meydan savaşının çıkmasından biliyoruz. Rin kendi ulusuna karşı bir silah olarak kullanılmaktansa, Kakashi'nin ellerinde ölmeyi tercih etti ve bu olay savaş sırasında, daha sonra büyük bir tehdit olacak Maskeli Adamın ortaya çıkmasına yol açtı. Kirigakure en olmadı Rin'in cesedini almak istediyse de ortaya çıkan Obito ortamdaki tüm Kirigakure'li shinobileri öldürdü ve daha sonra olay yerine gelen Konoha Kakashi'yi ve Rin'in cesedini Konoha'ya götürdü.
Bu olaydan kısa bir süre sonra ise Madara Uchiha vefat etti ve Obito yeni Madara olarak ortaya çıkıp, Danzo tarafından kışkırtılan Hanzo'nun Yahiko'yu öldürüp kendilerine ihanet ettiği gerekçesiyle çılgına dönen Nagato'yu manipüle ederek Akatsuki'yi kurdular. Kikyo Geçidi muharebesi sırasında ise Kirigakure shinobisi Aô bir Hyuga ile karşılaştı ve rakibini öldürdükten sonra Byakuganı'nı aldı. Savaşın sonra ermesi ise Iwagakure ile Konoha arasında imzalanan barış antlaşmasıyla oldu. Her ne kadar Iwa heyeti barış istemese de, hesaba katmadıkları şekilde Minato Namikaze isimli bir Konoha shinobisinin 1000'e yakın Iwagakure shinobisini tek başına öldürmesindan sonra, mecburen antlaşmayı imzaladılar.
Savaşın Sonuçları
*Konoha heyeti tazminat istiyor olsa da, 3. Hokage Hiruzen bu istekten vazgeçti ve çatışmalara son vermek için savaşı kazanmalarına rağmen, daha önce görülmemiş bir şekilde tazminattan vazgeçti
*Bu kararla birlikte Danzo başta olmak üzere ileri gelenler, Hiruzen'in zayıfladığını iddia ettiler ve bunun sonucunda Hiruzen Hokage'lik görevinden istifa etti.
*Boşalan Kagelik koltuğuna Danzo ilk kez talip olmak yerine, bu makama Orochimaru'yu önerdi.
*Ateş Ulusu yöneticileri, Kage'lik görevine Orochimaru yerine Jiraiya'yı getirmek istese de Jiraiya bunu istemediği için Hiruzen tarafından önerilen Minato'yu 4. Hokage olarak atadı.
*Minato Namikaze bu savaştan sonra "Konoha'nın Sarı Şimşeği" (Konoha no Kiroi Senko) lakabını aldı ve savaş sırasında hakkında "gördüğünüz yerde kaçın, direnmeyin veya dövüşmeyin" dendi.
*Minato bu savaşı Konoha'ya adeta altın tepside sunduğu için halkı tarafından kahraman ilan edildi.
*3. Raikage 1000'in üzerinde rakiple dövüştü ve öldü. Yerine oğlu A 4. Raikage olarak atandı.
*Kumogakure'li Bee "Killer Bee" olarak nam saldı. Bu namı ona karşı karşıya geldiği, Sarı Şimşek Minato tarafından verildi.
*Obito Uchiha'nın sözde ölümü gerçekleşti.*Yahiko öldü ve Akatsuki dağıldı.
*Akatsuki Obito'nun gölgeler altında, Nagato'nun bir bakıma Pain'in önderliğinde yeni bir misyon ile yeniden doğdu.
*Fugaku Uchiha'nın adının Hokage adaylığında dahi geçmemesi Uchiha'lar ile Konoha arasında huzursuzluğa neden oldu.
*Itachi bu savaş sebebiyle, travma geçirdi ve bedeli ne olursa olsun barış sağlamaya yemin etti.
*Bu savaş sırasında öldüğü sanılan ve aslında Madara tarafından manipüle edilen Obito, sevdiği Rin'in ölümünü gördükten sonra yeni bir kimliğe büründü ve 4. Büyük Shinobi Savaşına neden oldu.
*Sasori adındaki bir kukla ustası, düşmanlarının kanıyla kumu kırmızıya boyaması nedeniyle "Kızıl Kumun Sasori'si" (Akasuna no Sasori) olarak nam saldı.
*Kirigakure'li Ao'nun aldığı Byakugan onun "Byakugan Katili" (Byakugangoroshi) olarak nam salmasına sebep oldu.
*Kakashi Hatake ölen arkadaşı Obito'dan aldığı Sharingan sayesinde savaşta "Kopyacı Ninja" (Kopi ninja Kakashi) veya "Sharinganlı Kakashi" (Sharingan no Kakashi) olarak nam saldı.
*Iwa'lı Han Buhar salınımı sayesinde tüm dünya'da nam saldı.
*Hanzo Akatsuki'nin gücünü gasp edeceklerinden korktu ve Kök ile anlaşma yaparak Konan'ı rehin alıp Yahiko'yu öldürdü. Bu da Yeni Akatsuki'nin doğmasına yol açtı.
*Nagato Gedo Mazo çağırdı ve tüm Ame shinobileriyle önünde kalan Kök üyelerini öldürdü. Hanzo bu oladan Shunshin no Jutsu kullanarak kaçtı.
*Akatsuki'nin değişmesiyle birlikte Amegakure ikiye bölündü ve nihayetinde Hanzo Pain tarafından öldürüldü.
*Sisin 7 Kılıç Ustası olarak bilinen ekip bu savaşta epey nam saldı.
Savaşa Katıldığı Bilinen Bazı Güçlü Shinobiler
Iwagakure
Han (Jinchiruki ve Elit Jonin)
Kirigakure
Ao (Elit Jonin)
Sisin 7 Kılıç Ustası (Elit Jonin'ler)
Sunagakure
Pakura (Elit Jonin)
Amegakure
Konan
Yahiko
Konohagakure
Kakashi Hatake (Elit Jonin)
Shisui Uchiha (Savaş sırasındaki yaşı itabariyle en güçlüler sınıfına almadım.) (Elit Jonin)
Savaşa Katıldığı Bilinen En Güçlü Shinobiler
Iwagakure
Ohnoki (Tsuchikage)
Kirigakure
3. Mizugake (Tahminen)
Sunagakure
Chiyo (Elit Jonin)
Sasori (Elit Jonin)
3. Kazekage
Kumogakure
Killer Bee (Elit Jonin&Mükemmel Jinchiruki)
A (Elit Jonin&Raikage)
3. Raikage A
Amegakure
Hanzo
Nagato Uzumaki
Konohagakure
Danzo Shimura (Kök Lideri)
Tsunade (Efsanevi Sannin Üyesi) (Sadece tahmin savaşa katılmamış olma ihtimali yüksek)
Orochimaru (Kök Üyesi ve Efsanevi Sannin'lerden)
Jiraiya (Efsanevi Sannin Üyesi)
Minato Namikaze (Elit Jonin&Hokage)
Hiruzen Sarutobi (Hokage) (Büyük ihtimalle cepheye avaşa katılmadı.)
